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Un déclin manifeste touche Ratiatum. Le monde païen s'efface devant la chrétienté. Une basilique paléochrétienne, encore très largement méconnue est édifiée. Ratiate est rattachée au comté de Nantes.
Au début du Ve siècle, notre territoire quitte le monde païen et entre dans la chrétienté.
A ce jour, nous n’avons pas encore une idée précise de l’étendue, de l’urbanisation et du rôle administratif et économique de l’agglomération paléochrétienne de Rezé. Cependant, certains vestiges évoquent une ville encore florissante après l’Antiquité, notamment par la mise au jour en 2001 d'une basilique paléochrétienne aux Champs-Saint-Martin. Nous savons juste qu'en 511, l’évêque Adelphius de Ratiate participe au concile d’Orléans convoqué par Clovis ler.
Au haut Moyen-Age, le silence se fait sur Rezé, alors que de l’autre côté du fleuve, la Nantes monte en puissance.
Il semble que l’on doive à Félix, évêque de Nantes au VIe siècle, le détournement du lit originel de la Sèvre (le Seil) par l’ouverture d’un canal, au confluent actuel.
Rezé ensablée voit alors son destin scellé à celui de Nantes : en 851, Ratiate est détachée du Pagus Pictavus (Poitou) et annexée avec le Pagus Ratiatensis (Pays de Retz) au comté nantais par le roi de Bretagne, Erispoë.